Генеральный конструктор советских атомных подводных крейсеров стратегического назначения. 

После окончания Николаевского кораблестроительного института был направлен на работу в ЦКБ – 18 (ЦКБ МТ «Рубин»), где и проработал более 50 лет. С 1958 года являлся главным (генеральным) конструктором атомных подводных лодок и подводных крейсеров стратегического назначения проектов 658, 658М, 667А, 667Б, 667БД, 667БДР, 667БДРМ и 941. 

В течение многих лет С.Н. Ковалев самым тесным образом был связан с Севмашпредприятием. Он часто и подолгу бывал в Северодвинске, решал инженерные вопросы по проектам, участвовал в испытаниях, осуществлял контроль над строительством. На Севмаше по его проектам было построено 73 подводные лодки. А в общей сложности по восьми проектам С.Н. Ковалёва были построены 92 подводные лодки.

Ковалев в своих воспоминаниях писал: «Быть главным конструктором подводной лодки и пройти с ней весь путь от согласования технического задания до боевой эксплуатации, конечно, очень интересно и почетно. Но есть и оборотная сторона этой медали. Дело в том, что «радости скупые телеграммы», если и приходят, то очень редко, а отрицательные эмоции и стрессовые ситуации являются постоянным спутниками жизни и деятельности главного конструктора. К главному конструктору идут, когда плохо. Не размещается, не хватает мощности и производительности, не удается достичь требуемой точности изготовления, перепутана схема соединений, военпред не согласен с принятым техническим и решением, в чертежах обнаружены ошибки и т.п.». 

В 2003 году С.Н. Ковалеву присвоено звание «Почетный гражданин Северодвинска».